Voordat hij in 1556, bij het aftreden van zijn vader, koning wordt van Spanje heeft Filips reeds de heerschappij gekregen over het hertogdom Milaan (1540), de koninkrijken Napels en Sicilië (1554) en de Nederlanden (1555). Op 25 oktober 1555 wordt Filips gekroond tot koning der Nederlanden. Het eerste officiële optreden van Filips als vorst is geen succes. Hakkelend neemt hij het woord en bedankt hij zijn vader voor het in hem gestelde vertrouwen. Tegenover de Staten moet hij zich echter verontschuldigen, hij kent niet genoeg Frans om hen toe te spreken en laat dat over aan Granvelle, de bisschop van Atrecht. De indruk die Filips maakt, wekt geen vertrouwen. Wie toentertijd in de Nederlanden geen Frans sprak, maakte een even domme indruk als iemand die vandaag de dag geen Nederlands spreekt.
In de eerste jaren van zijn regering zet Filips zoveel mogelijk de lijn door die zijn vader heeft ingezet. Dit geldt met name voor het bestrijden van de ketterij. Die kettervervolging is nu juist één van de punten die erg gevoelig liggen bij de Nederlandse adel. Daarnaast zijn de Nederlandse Staten Generaal de aanhoudende oorlogen met Frankrijk meer dan beu. Ze dienen geen enkel Nederlands belang, kosten klauwen met geld en zijn slecht voor de Nederlandse economie. Filips doet ook weinig om de adel voor zich te winnen. Hij zondert zich af in Brusselse paleis en omgeeft zich daar met uitsluitend Spaanse raadslieden. Op 3 april 1559 komt er, niet in de laatste plaats dankzij de Nederlandse troepen, een einde aan de oorlog met Frankrijk (de vrede van Cateau-Cambresis). Deze vrede wordt bezegeld met een huwelijk: Filip trouwt voor de derde keer, ditmaal met Elisabeth van Valois, dochter van Hendrik II. Het is een gelukkig huwelijk waaruit twee dochters worden geboren. Elisabeth overlijdt, na een miskraam, in 1568.
De romantici vinden in het huwelijk van Filips met Elisabeth een eerste aanzet voor de haat die later zal ontstaan tussen vader en zoon Don Carlos. Don Carlos had namelijk zelf met Elisabeth willen trouwen, maar in plaats daarvan wordt zij nu zijn stiefmoeder! De jaloezie, het verdorven karakter (hij mocht graag dieren martelen) en de erfelijke waanzin van Don Carlos noodzaken Filips uiteindelijk om zijn eigen zoon gevangen te zetten. Vader laat hem in zijn kamer opsluiten - de deur wordt dichtgespijkerd - en zijn wapens en papieren ingenomen. In de nacht van 23 op 24 juli 1568 sterft de prins, kort voor zijn drieëntwintigste verjaardag. Omdat Filips dan geen zoon meer heeft om hem op te volgen, trouwt hij op 12 november 1570 nog een vierde maal met zijn nicht Anna aartshertogin van Oostenrijk.
Vanaf 1559 verblijft Filips definitief in Spanje. Niet alleen omdat hij zich daar beter thuis voelt, maar ook omdat zijn aanwezigheid daar, politiek gezien, vereist is. Hij moet namelijk nog steeds officieel als koning van Spanje ingehuldigd worden. Daarom benoemt hij zijn halfzuster, Margaretha van Parma, als landvoogdes van de Nederlanden. Zij wordt terzijde gestaan door drie adviseurs: Viglius van Aytta, Charles de Berlaymont en kardinaal Granvelle. Daarmee wordt de Nederlandse hoge adel bewust invloed onthouden. Weliswaar zijn er hoge edelen die zitting hebben in de Raad van State maar omdat velen van hen bovendien stadhouder zijn, verblijven ze vaker in de provincie dan in Brussel. Hoge edelen als de Prins van Oranje en de Graven van Egmond en Horne voelen zich dan ook achtergesteld en hebben het idee dat ze systematisch buiten alle belangrijke zaken worden gehouden.
Het gewone volk begint zich ondertussen steeds meer te ergeren aan de grote aantallen Spaanse soldaten die in ons land verblijven. Daardoor lijkt het net alsof de Nederlanders met hun geld de troepen moeten onderhouden die het eigen land 'bezet' houden. Ook wekt het veel irritatie dat Filips halsstarrig blijft vasthouden aan de vervolging van ketters. Het aantal slachtoffers van de kettervervolging is echter niet zo groot als de propaganda ons wil doen geloven. Op basis van een onderzoek naar officiële bronnen (procesverslagen en dergelijke) komt men voor de periode tot 1566 op ongeveer 1300 slachtoffers. Dat is niet weinig, maar maakt toch een groot verschil met de vele duizenden die in de propagandastrijd genoemd worden. De anti-Spaanse propaganda dikte de verhalen flink aan en speelde handig in op de angst onder de bevolking.
Op 23 juli 1561 schrijven de Prins van Oranje en de Graaf van Egmond een brief aan de koning waarin zij zich beklagen over de gang van zaken. Als er een klein jaar later nog steeds niets veranderd is, besluiten de hoge edelen zich verenigen in een liga. Op 11 maart 1563 stellen zij opnieuw een protestbrief op die met name gericht is tegen Granvelle. Zij eisen het aftreden van de kardinaal. Ook de landvoogdes heeft Filips te kennen gegeven dat ze niet meer wil samenwerken met Granvelle. Er zit voor Filips dan ook niets anders op dan Granvelle (met een smoesje) terug te roepen uit de Nederlanden. De strenge vervolging van de protestanten is echter een persoonlijk beleidspunt van de koning waar hij niet vanaf te brengen is. Op 31 december 1564 houdt Willem van Oranje in de Raad van State een pleidooi voor godsdienstvrijheid. Hij pleit ervoor om de twee godsdiensten naast elkaar te laten bestaan. In aansluiting hierop wordt in 1564 de Graaf van Egmond naar het hof in Spanje gestuurd om het standpunt nader toe te lichten. Er volgen meer rekesten en smeekschriften, allen zonder resultaat. Bij één van deze gelegenheden zou Berlaymont tegen Margaretha van Parma hebben gezegd 'N'ayez pas peur madame, ce ne sont que des gueux' (wees niet bang mevrouw, het zijn maar bedelaars). Vandaar de latere benaming 'de geuzen'.
Ondanks het feit dat Filips stug blijft vasthouden aan de kettervervolging, krijgen de calvinisten een steeds grotere aanhang. Ook in het uiterste zuiden van de Nederlanden. De duizenden mensen, die in de plattelandsindustrie een karig bestaan verdienen, beginnen zich steeds meer te ergeren aan de rijkdom van de katholieke kerk. Een mislukte oogst en een strenge winter zorgen voor grote hongersnood in 1566. De woedende burgerij, opgezweept door predikanten, valt kerken en kloosters binnen en slaat de boel kort en klein (de beeldenstorm). Margaretha van Parma weet niet goed hoe ze de opstand moet aanpakken en vraagt de plaatselijke edelen om haar te helpen bij het herstellen van de orde. Ook verlangt zij van hen dat ze trouw zweren aan de Spaanse koning en de katholieke godsdienst. De meningen van de Nederlandse edelen zijn hierover echter verdeeld. Margaretha schrijft daarop aan Filips een verzoek om het katholieke geloof tegen deze grove belediging te verdedigen. In de loop van de maand oktober 1566 wordt het kalmer in de Lage Landen maar Filips heeft dan al besloten om de hertog van Alva naar de Nederlanden te sturen. In 1567 arriveert Alva met 10.000 man troepen. Voorzichtigheidshalve besluit Margaretha van Parma in december 1567 het land te verlaten.
De hertog van Alva is fanatiek katholiek met een grondige haat tegen alles wat protestant is. Deze weinig sympathieke persoon wordt in 1567 gouverneur van de Nederlanden. Kort na zijn aantreden stelt hij de bloedraad in, een buitengewone rechtbank die jacht maakt op de protestanten. De bloedraad zit niet stil en de brandstapel wordt een dagelijks beeld. In totaal vallen er meer dan 6.000 slachtoffers. Door deze terreurpolitiek trekt Alva steeds meer absolute macht naar zich toe. De steden en gemeenten kunnen zich niet meer tegen de wil van de vorst verzetten. Zonder toestemming van de Staten Generaal worden er belastingen geheven. Een algemene opstand, onder leiding van Willem van Oranje is het gevolg. In 1579 verenigen de protestantse gewesten zich in Utrecht tot de Republiek der Verenigde Nederlanden en wijzen aldus de heerschappij van Filips II af. Deze neemt hier geen genoegen mee en zet een som van 25.000 kronen op het hoofd van Willem van Oranje. In de periode tussen 1580 en 1584 worden er verschillende aanslagen gepleegd op het leven van de prins. Op 10 juli 1584 slaagt Balthazar Gerards erin om de prins te vermoorden. Willem wordt echter opgevolgd door zijn zoon, prins Maurits, een zeer bekwaam strateeg en veldheer. Filips slaagt er dan ook niet meer in om de Nederlanden terug te veroveren.
De opstandige Nederlanden waren het niet enige blok aan het been van Filips. Aan de goede betrekkingen met Engeland is in 1555, bij het overlijden van Maria Tudor, een einde gekomen. Filips probeert, door middel van een huwelijksaanzoek aan koningin Elisabeth, de betrekkingen te herstellen. Zij voelt hier echter niets voor. Als zij zich bovendien opwerpt als beschermvrouwe van het protestants geloof (en steun verleent aan de Nederlandse opstandelingen) worden Spanje en Engeland onverzoenlijke vijanden. Met als doel de Engelsen te verslaan, brengt Filips een enorme vloot bij elkaar: de onoverwinnelijke Armada. Vrijwel de gehele vloot gaat echter door verkeerde manoeuvres in 1588 door stormen verloren. Vanaf dat moment zijn de Engelsen, onder leiding van Sir Francis Drake, heer en meester op de zeeën en is het gedaan met Spanje als zeemacht.
In 1563 is Filips begonnen met de bouw van het 'Escorial', een wat somber paleis net buiten Madrid dat nu gerekend wordt tot een van Europa's fraaiste monumenten. In 1584 is het paleis gereed en wordt het zijn tweede residentie. Hij overlijdt er, 71 jaar oud, op 13 september 1598.
Bron: http://home.tiscali.nl/~mgelten/Staatshoofden/Habsburgers/FilipsII.htm
